Hiện nay, Công ty đang hoạt động theo mô hình công ty mẹ – công ty con với 8 đơn vị thành viên. Trong đó, 2 công ty cổ phần là Biển Đông Logictics và Công ty Khai thác Tàu hàng rời ViShip được Biển Đông chiếm cổ phần chi phối trên 50%. 6 công ty con khác, Biển Đông chiếm 10% – 30% cổ phần, hoạt động trên các lĩnh vực cảng container, cáp treo, giao nhận vận tải. Đội tàu container của Công ty hiện có 9 tàu, với tổng dung tích là 6.000 TEUS và đang tiếp tục được đầu tư; kế hoạch tới cuối năm 2008, đội tàu container sẽ đạt tới 9.000 TEUS, đến năm 2010 sẽ nâng tổng dung tích lên 15.000 TEUS. Tất cả các loại tàu này đều do Công ty quản lý và tự khai thác trên các tuyến nội địa và quốc tế. Trên tuyến nội địa, những năm qua, Biển Đông luôn là hãng tàu đứng đầu về thị phần và chất lượng dịch vụ. Năm 2007, Công ty đạt 40% thị phần nội địa trong 7 hãng vận tải container của Việt Nam và chiếm gần 25% thị phần trên 17 hãng vận tải quốc tế tuyến Việt Nam – Thái Lan.
Trong những năm qua, Công ty đã tập trung đầu tư nâng cao dung tích tàu để chủ động khai thác các tuyến trong nước và quốc tế. Đầu năm 2003, Công ty đã triển khai và khai thác dịch vụ vận tải tàu container tuyến nội địa Bắc Nam với Hồ Tây đạt 443 TEUS. Tháng 1/2005, Công ty tiếp tục triển khai tuyến quốc tế đầu tiên TP. Hồ Chí Minh – Bangkok – Leam Chabang (Thái Lan), tạo bước đột phá mạnh mẽ trong lĩnh vực container quốc tế, trở thành doanh nghiệp tiên phong trong lĩnh vực này mà trước đây, việc vận chuyển hàng hoá xuất nhập khẩu đều rơi vào các hãng vận tải nước ngoài. Tháng 8/2006, Công ty mở tuyến vận tải quốc tế Việt Nam – Singapore. Đây là tuyến vận tải đòi hỏi yêu cầu rất cao về lịch tàu, thời gian phải chính xác đến từng giờ. Đến cuối năm 2007, dịch vụ vận tải tàu container của Biển Đông đã mở rộng thêm các tuyến nội địa: Hải Phòng – TP. Hồ Chí Minh, Việt Nam - Thái Lan, Hải Phòng – TP. Hồ Chí Minh – Singapore, Hải Phòng – Hồng Kông. Hiện nay, Biển Đông đang phát triển thêm các tuyến TP. Hồ Chí Minh – Port Klang (Malaysia) và Việt Nam – Bắc Trung Quốc, Việt Nam – Hàn Quốc. Ngoài ra, Công ty còn đầu tư một tàu chở dầu thành phẩm, loại MR, MT (Vinashin Energy), trọng tải 35,437 MT, đáp ứng đầy đủ các điều kiện, yêu cầu vận chuyển khắt khe nhất của các hãng dầu lớn trên thế giới để khai thác tuyến quốc tế. Ông Nguyễn Văn Nhợi – Tổng giám đốc TRACO nhận xét: “Biển Đông có đội tàu trẻ và rất chuyên nghiệp. Hơn nữa, Biển Đông lại là công ty có mật độ tàu chạy tuyến Bắc – Nam cao, an toàn. Do đó, TRACO hiện đang sử dụng tới 80% yêu cầu của mình thông qua Công ty Vận tải Biển Đông”.
Biển Đông còn được biết đến với các đội tàu chở dầu thành phẩm, chở hàng rời, chở hàng bách hoá có uy tín. Hiện nay, đội tàu chở dầu thành phẩm của Công ty có tổng trọng tải gần 150.000 DWT, với 3 tàu chở dầu thành phẩm có tuổi bình quân là 5 năm. Kế hoạch đến 2010, Công ty sẽ nâng tổng trọng tải lên 500.000 DWT. Đội tàu vận tải hàng rời, hàng bách hoá chính thức đi vào hoạt động từ tháng 8/2007, có khả năng chở hàng đi khắp thế giới. Năm 2008, Công ty phấn đấu nâng tổng trọng tải lên tới 250.000 DWT – 300.000 DWT. Ngoài ra, Công ty còn có các dịch vụ kinh doanh khác như cáp treo, kho bãi, vận tải… Ngày 23/8/2007, con tàu mang tên Vinashin Victory với trọng tải 47,084 DWT được đăng kiểm bởi ABS của Hoa Kỳ, đã cập cảng San Francisco thuộc bang California (Hoa Kỳ) chở hơn 40.000 tấn dầu từ Nhật Bản vượt Thái Bình Dương sau 13 ngày đêm. Đây là con tàu chở dầu lớn nhất Việt Nam do chúng ta tự khai thác. Sự kiện này đánh dấu mốc son cho ngành Hàng hải Việt Nam và khẳng định, Việt Nam có đầy đủ điều kiện để phát triển ngành tàu biển, đáp ứng được những nhu cầu khắt khe và khó tính nhất trên thế giới, cũng như công ước quốc tế. Quý I năm 2008, tàu MT Vinashin Melody có trọng tải 45,937 DWT được đưa vào khai thác trên các tuyến vận tải toàn cầu cùng với tàu MT V.energy và V.Victory. Cho đến nay, Công ty Vận tải Biển Đông là hãng tàu duy nhất có tuyến vận tải trực tiếp, các tàu đều hoạt động 24/24h, đảm bảo an toàn và giữ gìn môi trường khi vận chuyển.
Tiến sĩ Bùi Quốc Anh – Tổng giám đốc Công ty Vận tải Biển Đông cho biết: “Biển Đông luôn thực hiện phương châm “lấy thị trường làm trung tâm và hướng theo khách hàng – khách hàng là chìa khoá để tạo khả năng sinh ra lợi nhuận”. Quan điểm này đồng nghĩa với việc khẳng định “chìa khoá” để đạt được mục tiêu của Biển Đông là xác định được những nhu cầu, mong muốn của thị trường và đảm bảo mức độ thoả mãn bằng những chất lượng dịch vụ, hiệu quả khác biệt. Cũng theo ông Quốc Anh, định hướng phát triển đến 2010 và các năm tiếp theo của Biển Đông là không ngừng nâng tổng dung tích, đầu tư dung tích đạt 12.000 – 15.000 TEUS, mở rộng khai thác thị trường Ấn Độ, hướng tới các thị trường châu Âu, châu Mỹ… Mục tiêu phấn đấu là đưa Biển Đông trở thành hãng tàu container hàng đầu Việt Nam, từng bước phát triển vững chắc và đáp ứng nhu cầu hội nhập về vận tải biển.