Hợp tác kinh tế, thương mại giữa hai nước ngày càng phát triển, trong đó kim ngạch xuất khẩu từ Việt Nam sang thị trường này có chiều hướng tăng, nhập siêu giảm. Với mức tăng trưởng kinh tế trung bình đạt trên 7%/năm. Việt Nam là thị trường đầy tiềm năng của Inđônêxia, còn Inđônêxia với dân số trên 200 triệu người, có nền kinh tế đang phát triển tương đồng với Việt Nam, cũng có nhiều tiềm năng cùng hợp tác với Việt Nam để tăng cường xuất khẩu sang thị trường các nước, nhất là Mỹ. Năm 2007, kim ngạch xuất khẩu của Việt Nam sang Inđônêxia đạt khoảng 1,3 tỉ USD và đến năm 2010 có thể lên tới 1,75 tỉ USD. Nhiều mặt hàng xuất khẩu sang Inđônêxia có khối lượng ngày càng tăng như dầu thô tăng 11,7%; gạo tăng 7,14 lần; cà phê tăng 45 lần; chè tăng 3,8 lần; cao su tăng 1,25 lần... Riêng mặt hàng lạc nhân, sau nhiều năm mất thị trường, nay đã lại xuất được hơn 5.000 tấn với trị giá trên 3,5 triệu USD. Những mặt hàng mới như đường, gốm sứ của Việt Nam cũng đã có chỗ đứng tại thị trường Inđônêxia, góp phần tăng kim ngạch xuất khẩu và đa dạng hoá sản phẩm xuất khẩu của Việt Nam vào thị trường này.
Inđônêxia có cơ cấu mặt hàng xuất nhập khẩu tương tự như Việt Nam, trong đó sản phẩm thế mạnh của Việt Nam xuất sang Inđônêxia là gạo và dầu thô; sản phẩm thế mạnh của Inđônêxia xuất sang Việt Nam là một số mặt hàng phục vụ sản xuất công nghiệp như hóa chất, bột giấy, nguyên phụ liệu dệt may, da, v.v...Đặc biệt là mặt hàng phân bón. Thực tế những năm qua, lượng phân bón mà Việt Nam đã nhập từ Inđônêxia rất lớn.
Năm 2007, Bộ Nông nghiệp Inđônêxia đã ký hiệp định hợp tác với Viện Nghiên cứu Lúa gạo quốc tế (IRRI) trong việc chuyển giao các công nghệ canh tác giống lúa mới để giúp Inđônêxia tăng thêm 2 triệu tấn thóc và đạt mức tăng trưởng bình quân 5%/năm trong những năm tiếp theo. Hiệp định này có thời hạn trong 3 năm, tập trung vào 3 lĩnh vực chính là hỗ trợ chương trình tăng sản lượng thóc của Chính phủ Inđônêxia, hợp tác nghiên cứu và phát triển nguồn nhân lực. Các hoạt động hỗ trợ bao gồm việc giúp lai tạo các giống lúa mới có năng suất cao, chất lượng tốt và chịu được sâu bệnh; xây dựng chiến lược và cơ cấu trồng lúa lai và phát triển các giống lúa có khả năng chịu úng, hạn và nhiệt độ thấp ở các khu vực vùng cao. Về lĩnh vực hợp tác nghiên cứu, hai bên sẽ tăng cường nghiên cứu phát triển và sử dụng an toàn giống lúa biến đổi gien tại Inđônêxia, cải thiện chất lượng và giá trị dinh dưỡng của các loại thóc thông qua sử dụng kỹ thuật xử lý giống và quan tâm đặc biệt đến việc trồng lúa tại các vùng đất khô hạn, bạc màu. Ngoài ra, hai bên cũng đẩy mạnh các chương trình đào tạo tại chức, đào tạo sau đại học, trao đổi các nhà khoa học và tổ chức các khóa đào tạo ngắn hạn. Hai bên cũng thảo luận sự hợp tác phát triển ngành cà phê, đặc biệt trong việc nâng cao chất lượng cũng như các gỉải pháp nhằm bình ổn giá cà phê trên thị trường thế giới ở mức hợp lý và có lợi nhất, vì Việt Nam và Inđônêxia là hai quốc gia sản xuất cà phê vối (robusta) đứng đầu thế giới. Tháng 5/2008, tại Hà Nội, Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Lê Văn Bàng đã trao Công hàm cho đại diện Đại sứ quán Inđônêxia tại Việt Nam thông báo Chính phủ Việt Nam quyết định viện trợ khẩn cấp 1.000 tấn gạo cho các nạn nhân vụ động đất tại Yogyakarta (Inđônêxia), đồng thời sẵn sàng cử chuyên gia y tế sang Inđônêxia giúp đỡ cứu hộ các nạn nhân.
Cũng năm 2007, tại thủ đô Jakarta (Inđônêxia) đã diễn ra Kỳ họp lần thứ tư của Ủy ban Hỗn hợp Việt Nam - Inđônêxia về hợp tác kinh tế, khoa học và kỹ thuật. Hai bên đã ký văn kiện về các lĩnh vực hợp tác thương mại, đầu tư, dầu khí, ngư nghiệp, nông nghiệp, giao thông, giáo dục đào tạo, y tế, du lịch và ngân hàng. Cũng tại Kỳ họp này, Chủ tịch Hiệp hội Hồ tiêu Việt Nam và Chủ tịch Hiệp hội các công ty xuất khẩu hồ tiêu Inđônêxia đã ký Bản ghi nhớ về việc thành lập Ủy ban chung để nghiên cứu và thực thi chính sách nhằm cải thiện hoạt động tiếp thị, cũng như chất lượng nguồn hồ tiêu cung cấp cho thị trường quốc tế.
Về đầu tư, Inđônêxia tập trung đầu tư vào Việt Nam theo các lĩnh vực thăm dò và khai thác dầu khí, khai thác than, ngân hàng, khách sạn, chế biến xuất khẩu gỗ, sản xuất sợi polyeste và hoạt chất tẩy rửa, may mặc và dịch vụ dầu khí. Tính đến năm 2007, tổng số vốn Inđônêxia đầu tư vào Việt Nam đạt trên 137,5 triệu USD với 13 dự án. Tập đoàn công nghiệp Than - Khoáng sản Việt Nam (TKV) đã ký hợp đồng khung với 2 công ty là PT Berau Inđônêxia và Maintime Hồng Kông tại Inđônêxia, để mua than cho các dự án nhiệt điện.
Tháng 6/2008, đoàn công tác của TKV tại Inđônêxia đã làm việc với các công ty là PT Berau, Oxbow Coal, Siam Cement Trading, Sojitz và Cincor Coal để tìm hiểu thêm khả năng nhập khẩu than của nước này. Nhìn chung, các đối tác đều nhận định việc nhập than từ Inđônêxia cho các nhà máy nhiệt điện ở phía Nam là có tính khả thi cao, so với nhập khẩu từ các nguồn khác. Công ty Dầu khí quốc doanh Inđônêxia PT Pertamina đã ký hợp đồng khoan thăm dò dầu, khí ở khu vực Đông Java với các công ty dầu khí của Việt Nam và Malaixia. Theo đó, PT Pertamina sẽ cùng với Công ty Dầu khí Petroliam Nasional Bhd của Malaysia (Petronas) và Tổng công ty Dầu khí Việt Nam (PetroVietnam) hợp tác thăm dò và khai thác dầu khí ở khu vực Randugunting thuộc Đông Java Inđônêxia . Theo thỏa thuận với các công ty dầu khí Việt Nam và Malaixia, Công ty Dầu khí quốc doanh Inđônêxia PT Pertamina sẽ được nhận 40% sản lượng dầu, khí. Số còn lại, Petronas và Petro Vietnam, mỗi bên được 30%.
Để tạo thuận lợi cho hợp tác thương mại giữa hai nước, Việt Nam sẽ không ngừng cải thiện môi trường kinh doanh theo hướng mở cửa, nhằm khuyến khích các doanh nghiệp Inđônêxia xuất và nhập khẩu. Bên cạnh đó, hơn 90% số dòng thuế của Việt Nam đã nằm trong danh mục cắt giảm đúng theo cam kết.